Manfred Wagner absolvierte eine Lehre als Bankkaufmann bei der Kreis- und Stadtsparkasse Bad Hersfeld und studierte Volkswirtschaftslehre an der Philipps-Universität in Marburg. 1980 wurde er aufgrund der Arbeit Cash-Flow-Analyse versus Branchenprognose und Marktforschung als Kriterien einer dynamischen Kreditwürdigkeitsprüfung zum Dr. rer. pol. promoviert.
1988–2000 war Wagner Vorstandsvorsitzender der Stadt-Sparkasse Hilden und darauf 10 Jahre Vorstandsvorsitzender der Sparkasse Bad Hersfeld-Rotenburg. Seit 2010 ist er im Ruhestand und widmet anderen Leidenschaften mehr Zeit, beispielsweise der Philosophie Arthur Schopenhauers. Dies führte zur Veröffentlichung des Buches Schopenhauer und das Geld und zur Gründung der Schopenhauer-Stiftung. Mit dieser Stiftung förderte Manfred Wagner auch in hohem Maße die von Ernst Ziegler herausgegebenen Gedankenbücher Schopenhauers, an deren Entstehung maßgeblich seine Ehefrau, Anke Brumloop, und er mitgewirkt haben.